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NHC催化平面手性环芳烃Gaussian计算

NHC催化平面手性环芳烃Gaussian计算

关键词:Gaussian 09;DFT;NHC催化;过渡态;弱相互作用;动态动力学拆分

一、文章简要介绍

这篇论文是北京师范大学团队做的,2024年发表在Nature Communications上,DOI:10.1038/s41467-024-46376-8。他们用N-杂环卡宾(NHC)催化,靠动态动力学拆分(DKR)把外消旋的环芳烃变成平面手性环芳烃,收率不错,对映选择性也高。文章里控制实验和Gaussian 09计算各占一半,计算把NHC催化剂加成到两个对映体上的能垒差算得很清楚。

平面手性环芳烃在药物研发里挺受关注,它的手性来自芳环翻转受限。要让拆分跑通,底物得能快速消旋,产物又不能翻环,这两件事对取代基大小和桥链长度都很挑。

二、Gaussian计算设置与模型

计算在Gaussian 09里完成,分两步走。第一步用B3LYP泛函加D3色散校正、6-31G(d,p)基组做结构优化和频率计算,溶剂效应用可极化连续介质模型(PCM)按四氢呋喃处理;第二步在优化好的结构上算单点能,泛函换成M06-2X加D3(0)色散校正,基组用6-311+G(d,p)。过渡态再用内禀反应坐标(IRC)复核一遍,然后交给Multiwfn做原子在分子中(AIM)分析和非共价相互作用(NCI)分析,结构图用VMD和Cylview画出来。

图1 平面手性环芳烃的重要性与NHC催化动态动力学拆分设计

图1是全文的背景和设计思路:A列了几个含平面手性环芳烃的药物分子,B列了四条已有的对映选择性合成路线,C是本文的NHC催化DKR设计。

反应本身是NHC催化下的氧化酯化。催化剂IV(Ar=2,4,6-三异丙基苯基)配DBU碱、DQ氧化剂、THF溶剂,室温24小时,[14]环芳烃1a与醇2a给出97%收率和93:7的对映体比。机理推测是NHC先加成到醛上形成Breslow中间体,再经氧化、酯化放出产物。

图2 反应机理推测(NHC加成与氧化酯化)

图2是推测的机理路径,NHC加成、氧化、酯化三步串起来,手性就在加成那一步定下来。

三、关键结果与发现

控制实验先给出一组旁证。[15]环芳烃4f与2e在标准条件下反应12小时,5fe收率48%、对映体比90:10,同时4f以消旋体形式回收40%。这说明底物消旋很快,不是决速步。另外,[12]环芳烃的4-苯基取代物(Rp)-11在优化条件下给出(Rp)-12,收率82%、对映体比>99:1;换成ent-IV催化剂,产物不到5%,(Rp)-11以89%回收、97:3的对映体比。

图3 动态动力学拆分的控制实验

图3是这些控制实验的方程式,五组对照把消旋速率、动力学拆分和催化剂匹配关系都摆出来了。

Gaussian计算给出的能量剖面对上了实验。NHC催化剂IV加成到(Rp)-1a的能垒比加到(Sp)-1a低3.6千卡每摩尔,所以加成偏向Rp那边。醛羰基的取向也影响很大:把取向换一下,Rp和Sp过渡态的相对吉布斯自由能分别抬高7.2和1.5千卡每摩尔,说明优势取向是算出来的那一个。

图4 Gaussian 09 计算能量剖面(NHC催化剂IV加成到(Rp)-1a与(Sp)-1a)

图4是计算得到的能量剖面,两条路径的过渡态能量差就是3.6千卡每摩尔的来源。

补充材料里的完整剖面把两种情况都画进去了:每条非对映路径都考虑醛羰基的两个朝向,能量低的标-1a,能量高的标-1a’。两个朝向一比,差距就出来了。

图5 补充材料完整能量剖面(M06-2X-D3(0)/6-311+G(d,p)//B3LYP-D3/6-31G(d,p))

图5是补充材料的完整能量剖面,标注了M06-2X-D3(0)/6-311+G(d,p)//B3LYP-D3/6-31G(d,p)的计算级别。

能垒差从哪来,AIM和NCI分析给出了答案。TS-(Rp)-1a里有7个C–H…π作用、4个C–H…O氢键、2个C–H…N氢键、1个Lp…π、1个C–H…Br卤键和10个C–H…H–C范德华作用;TS-(Sp)-1a只有4个C–H…π、3个C–H…O、1个C–H…N、2个C–H…Br和9个C–H…H–C。弱相互作用堆得更多,过渡态就更稳,能垒也更低。NCI图里这些作用用颜色深浅标出来,和AIM的结果能对上。

图6 NCI图:TS-(Rp)-1a与TS-(Sp)-1a的弱相互作用

图6是两个过渡态的NCI图,左(Rp)右(Sp),箭头标出典型弱相互作用,颜色反映电子密度的符号和强弱。

底物为什么能快速消旋,动态NMR说得很直白。1a的阻转异构在零下50度以下才观测到,室温下芳环翻转的能垒很低,两个对映体能来回换,DKR才有操作空间。计算给出的加成能垒差、实验给出的选择性,加上这组变温数据,三头对得上,文章也据此认为反应符合Curtin-Hammett情形。

图7 1a的动态NMR(阻转异构与消旋行为)

图7是1a在213到298开尔文之间的动态NMR谱,温度一升峰就并了,说明室温下翻转很快。

四、我们提供的服务

我们可提供Gaussian的DFT/TD-DFT计算、过渡态搜索与IRC验证、AIM/NCI弱相互作用分析、能量剖面绘制等服务。如需相关服务,欢迎私信聊聊。

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